Действие игры начинается в 2499 году, когда в ходе активной колонизации космоса терраны сталкиваются с неизвестными доселе враждебными существами — зергами. При этом Конфедерация, доминирующая в этом секторе политическая группировка терран, отказывает в помощи атакованным колониям.
В ходе последовавших вооружённых столкновений обнаруживается, что зергов на терранские колонии привлёк пси-излучатель — устройство, которое агенты Конфедерации использовали, чтобы заманить зергов на неугодные режиму колонии. Затем, основные силы Конфедерации должны были вступить в бой с «неизвестным врагом» и «освободить» поражённые миры. Однако, дело приняло неожиданный оборот, когда в бой вступила третья сторона — протоссы. Их флот, оснащённый технологиями, далеко превосходящими терранские, следовал к заражённым зергами колониям терран и подвергал их массированной орбитальной бомбардировке, уничтожая там всё живое.
Все это время, командующий флотом протоссов, верховный храмовник Исполнитель («экзекутор») Тассадар, следуя приказу Конклава, выжигал зараженные зергами планеты одну за другой. Однако, во время битвы за Тарсонис, он решил вмешаться и попытался спасти людей, высадив десант на космическую платформу «Новый Геттисберг», на которой располагался главный Улей зергов, с целью уничтожить его и не дать зергам полностью разрушить Тарсонис.
Это шло вразрез с планами лидера «Сыновей Корхала» Арктуруса Менгска, который желал полного уничтожения всего, что стояло на его пути к власти. Он послал на ту же платформу Сару Керриган — свою ближайшую помощницу, с приказом помешать силам протоссов уничтожить зергов.

Посланный Тассадаром десант оказался тактически слабее и отступил, чем воспользовались зерги, атаковавшие позиции терран с тыла. Отряд Керриган был уничтожен после того как Менгск проигнорировал её просьбу об эвакуации.
Однако Керриган не погибла, а была захвачена зергами и помещена в кокон для последующего превращения в агента Сверхразума зергов, которого заинтересовали её выдающиеся телепатические способности.
В течение четырёх лет после событий последней войны Зерги не нападали на поселения терранов и протоссов и о них не было никакой информации: все разведывательные корабли, отправленные на планету Чар, исчезали, так и не доложив о том, что видели. Таким образом, Терраны и Протоссы могли лишь догадываться о том, чем занималась Сара Керриган — новая предводительница Зергов — в течение стольких лет.
Но вскоре, когда восстановились разрушенные города, Зерги начали опять нападать на территории людей.Собирается команда, которая готова пойти против воли власти и спасти жизнь людям, т.к. правительство действует не так, как надо.